La sede de la Hermandad viene fijada en la Regla 4 de las Sagradas Reglas. Así dicha Regla establece que la Hermandad se halla establecida canónicamente en la Capilla de la Fábrica de Tabacos de Sevilla y locales anexos, sita en calle Juan Sebastián Elcano, número 7, por Decreto del Vicario General de la Diócesis de 3 de marzo de 1965. Dicha Capilla se consagró al culto público en calidad de Oratorio por Decreto del Cardenal Arzobispo José María Bueno Monreal, de 24 de marzo de 1965. El domicilio social y fiscal es el mismo que el de la sede canónica.
La Hermandad se trasladó a su actual sede el Jueves Santo del año 1965, cuando de regreso de su Estación de Penitencia entró en la capilla de la Fábrica de Tabacos en el barrio de Los Remedios. La Capilla y los locales anexos que ocupan las dependencias de la Hermandad, se sitúan en el extremo norte de la finca que ocupa el recinto fabril y dentro de la plaza en la que se ubica el edificio principal de la Fábrica y colindante con las instalaciones del Círculo de Labradores.
La capilla es un edificio de planta de cruz latina con un crucero apenas pronunciado y prácticamente imperceptible desde el exterior. El edificio, que fue diseñado por el Arquitecto madrileño Mariano García Morales, sigue una estética funcional propia de la arquitectura de los años sesenta, con una traza muy sencilla, con muros de ladrillo visto y una cubierta adintelada sobre vigas de hormigón. La fachada principal de la capilla que se abre a la plaza interior de la fábrica tiene un gran portalón de hierro forjado y cristal, con las dimensiones precisas para permitir la salida de los pasos de la Hermandad en la tarde del Jueves Santo. A ambos lados de la puerta de entrada, se sitúan dos retablos cerámicos de los titulares de la Hermandad, cubiertos con tejadillo y alumbrados con dos faroles de forja. Sobre la referida fachada principal, se alza también una modesta espadaña con campana que se sigue haciendo tañer para llamar a los fieles a Misa.
Adosada al lado de la epístola y con entrada desde la propia capilla, se sitúa la Sala de exposición, inaugurada el día 8 de septiembre de 2012, donde permanece expuesto gran parte del patrimonio artístico de la Hermandad.
El interior de la capilla, cuyos paramentos verticales también lucen ladrillo visto, aparece rematado en el presbiterio con un amplio arco de medio punto. En los brazos de los cruceros, existen sendas vidrieras, una con el escudo de Sevilla y otra con el escudo de la Hermandad.
